ევროპის აკადემიის თბილისის რეგიონულ ცენტრს ხელმძღვანელობს ცენტრის აკადემიური დირექტორი, რომელიც აუცილებლად გახლავთ ევროპის აკადემიის წევრი (MAE). აკადემიურ დირექტორს ირჩევს ამავე ცენტრის სამეცნიერო საბჭო და თანამდებობაზე ნიშნავს უნივერსიტეტის რექტორი.
თავად საბჭოს ხელმძღვანელობს საბჭოს თავმჯდომარე, რომელსაც ირჩევენ საბჭოს წევრები თავისი შემადგენლობიდან, სიითი შემადგენლობის უმრავლესობით.
ცენტრის ყოველდღიურ საქმიანობას მართავს ცენტრის აღმასრულებელი დირექტორი, რომელსაც ცენტრის აკადემიური დირექტორის წარდგინებით, თანამდებობაზე ნიშნავს უნივერსიტეტის ადმინისტრაციის ხელმძღვანელი.
2024 წლიდან ევროპის აკადემიის თბილისის რეგიონული ცენტრის აკადემიური დირექტორი გახლავთ, პროფ. დავითი ლორთქიფანიძე, საბჭოს თავმჯდომარედ არჩეულ იქნა პროფ. ზაალ კოკაია, ხოლოაღმასრულებელი დირექტორის თანამდებობაზე დაინიშნა ნათია ხულუზაური.
